外源蛋白質檢測法快速且具有一定的靈敏度，也能進行半定量，尤其是試紙條法，不需要特殊的儀器設備，適用於現場檢驗或初篩。但外源蛋白質檢測法有三方麵的局限性：(1)由於抗原抗體反應的專一性，每種轉基因產品都要開發和建立專門的檢測試劑和方法，而轉基因產品種類繁多，要建立所有轉基因產品的蛋白質檢測法工作量很大；(2)對於加工過的轉基因食品，其蛋白質很容易被破壞，從而影響檢測結果的準確行；(3)有些插入基因還具有表達部位特異性，這些金銀的表達並不像DNA那樣存在轉基因作物的任何部位，甚至有的轉基因產品的插入基因根本不表達或表達量很低。這些都會影響檢測結果。

　　外源DNA的檢測

　　目前對於外源基因的檢測主要是通過對轉入的外源基因進行PCR擴增，然後進行紫外或熒光檢測。PCR技術全稱“聚合酶鏈反應技術”，是一種在體外由引物引導的DNA聚合酶催化的聚合反應，能在短時間內準確地將目的序列大量複製。在轉基因食品檢測方麵，主要是用於從DNA即基因水平來鑒定被測食品。由於它的快速、靈敏、費用低、檢測僅需微量的DNA並且可以同時檢測多個樣品，正成為這一領域日趨成熟的方法之一。定性PCR轉基因食品重組DNA的基本機構包括啟動子、目的基因、終止子和標記基因。由於目的基因種類繁多，所以先用轉基因食品最常用的轉錄啟動子CaMV35S、轉錄終止子NOS及抗生素抗體基因NPTII三個序列來設計引物進行PCR反應，對結果陽性者可再檢測目的基因。定量PCRPCR反應具有高度特異性和敏感性，但對實驗技術的要求很高，其結果易受許多因素的幹擾而產生誤差，一般PCR隻用作轉基因食品的定性篩選檢測。針對所存在的問題，研究人員在實驗設計中引入內部參照反應，以消除檢測時的幹擾，並與已知含量的序列GMO標準樣的PCR結果進行比較，從而可以半定量地檢測待測樣品的GMO含量。PCR-ELISA這是一種將PCR的高效性與ELISA高特異性結合在一起的檢測方法，它利用地高辛或生物素等標記引物，將PCR擴增產物與固相板上特異的探針結合，再加入抗地高辛或生物素的酶標抗體-辣根過氧化物酶結合物，最後使底物顯色，在酶標儀上讀取數值。利用PCR-ELISA法對轉基因大豆檢測，靈敏度比歐盟推薦的PCR方法高5倍~10倍。它快速方便，避免了有毒物質EB的使用，適合大批量自動檢測。