能力驗證是實驗室檢測能力的體現，是國家認監委、合格評定委員會等對實驗室檢測能力的考評，也是實驗室向社會提供服務的信用憑證。2014年，欽州檢驗檢疫局嚴格按照中國合格評定國家認可委員會CNAS-RL能力驗證規則和CNAS+L07驗證頻次要求，參加了食品微生物、食品添加劑、食品農殘、食品重金屬領域的能力驗證。

近年來，欽州檢驗檢疫局非常重視食品質量安全檢測能力的建設，通過爭取上級部門經費支持，填補食品質量安全相關檢測儀器、擴項、參加國家認監委等組織能力驗證等途徑，不斷強化食品質量安全檢測能力。2013-2014年度，該局綜合技術服務中心實驗室農產品食品檢測能力擴項34項，也是實驗室曆史最多一次食品質量安全檢測能力擴項，包括有食品微生物、食品添加劑、食品中農殘、食品重金屬、二氧化硫、亞硝酸鹽等食品衛生、毒素檢測項目。